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在虚拟的世界，主角等人的天敌是雨果这几个监控程序。在真实的世界，众人的敌人是机器人。
对付机器人，飞船上只有一种杀手锏有用，那就是电磁脉冲。
这玩意儿能使射程内所有电子系统失灵，这其中，自然包括哪些八爪鱼似的机器人。
但是，最可怕的往往不是外界的敌人，而是内鬼。
墨菲斯的船员中，有一个名为塞弗的白人男子。他和主角之间有过几个镜头，他开玩笑说自己当初很后悔选择了红色药丸。
如果有再来一次的机会，他说自己一定会选择蓝色药丸，然后沉浸在矩阵中，不去理会人类和机器人之间的斗争。
当时，观众们还以为他只是说着玩玩的，但没想到这家伙是真的打算背板人类，重新作为一个电池进入矩阵之中。
......
电影过半，塞弗偷偷进入矩阵，然后和特工雨果见面。并且答应雨果，拿墨菲斯来换取他重新进入矩阵的权利。
并且，他要财富，他要地位，他要名气，他还要忘记在真实世界的一切！
看到这里，许多观众都不禁心生怒意，但是愤怒之后，充斥全身的又是无可奈何。
设身处地的想想，在残酷的真实和美好的虚拟之中，又有多少人会选择残酷的真实呢？
塞弗做出了一个很正常的决定，虽然这个决定放在道德的制高点上，十分地令人可耻。
忽然，有观众想到了韩秋在电影前问的问题。
“你们觉得是沉迷在安稳的虚假世界里好，还是待在残酷的现实世界好？”
当初很多人都信誓旦旦地选择了后者，但现在看来.......
如果凭借本心说话，还有多少人会选择后者呢？
这是一个令人纠结至极的选择。
......
之后，墨菲斯带着尼奥还有船员们再次进入矩阵，去见先知：一个面目慈祥的老太太。
在这里，尼奥见到了许多有着奇异能力的小孩子，比如，让物体悬浮，让勺子弯曲。放在以前，观众们会以为这是特异功能。但现在嘛......
在矩阵中，什么都有可能发生。
这些，也不过是一串数据而已。
那个让勺子弯曲的小孩子告诉尼奥，“你需要认清事实，弯曲的并不是勺子，而是你自己！”
先知则告诉尼奥，“你将做出选择，你一只手握着墨菲斯的命，一只手握着自己的命，你们之中有一个会死，但选择权，在你的手里！”
先知不愧是先知，说的话莫名其妙，至少，很多观众都感觉有点似是而非。
之后，众人准备离开矩阵时，因为塞弗的背叛，众人遭到了追杀。原本设定好链接现实的电话线都被剪断。
这些电话线，是他们和现实之间的出入证。一开始安妮在电话亭里消失，就是这个原因。
最后，大战爆发。虽然战斗很炫酷，枪火交战很刺激，但结果却是悲剧的。
墨菲斯被雨果抓走，塞弗利用自己和特工是友军的身份，在没进入矩阵的接线员不知道他已经背叛的情况下，他成功利用接线员的信任，先一步回到了现实世界中。
然后又用武器偷袭接线员，并在之后一一拔掉进入矩阵的船员脑后的插头，让他们直接当场死亡！
这就是可悲之处，没死在杀毒软件手里，死在了自己人的手上。
就在塞弗要把拔掉尼奥的插头时，之前他本以为已经死去的接线员却大难不死，幸存了下来，并且成功将他反杀！
但即便这样，船员们除了墨菲斯和男女主角外，其他进入矩阵的人，通通都死完了。
而且，这不是最主要的。仅存的几个人面临着一个更大的难题。
那就是墨菲斯被抓走了，一旦雨果从他的口中套出锡安主机的接入口令，那么，人类最后的聚集地，将会毁于一旦。
所以，他们别无选择，只能拔掉墨菲斯的插头，让他死掉。死人，总是保守秘密的最佳人选。
就在这时，尼奥突然想起了先知对他说过的话。他要做出选择，在他自己和墨菲斯的性命之间。
现在，就是做出选择的时刻了！