当时的蒙古军队虽然在襄樊之战中受到挫折，但成吉思汗时代横扫天下的余威犹在，且军纪森严，每十人、百人、千人、万人各为一个战斗队，每队设一长率领，组织极为严密，因此英勇善战，战斗力极强。此外，元军当时装备的火器借鉴了来自宋朝的先进技术（这是孙珲给宋朝弄出火炮后所没有想到的），在世界上也处于领先水平，曾经威镇欧洲，所以火炮作为此次征日作战的秘密武器，出现在元军的战斗序列中。
而日本武士部队的基础是守、介地头制（庄头制）。这市是源赖朝建立幕府时期形成的兵制。任守、介地头职的武士，多为有功于历代将军或执权的家臣，即“御家人”。守是掌握某一地方兵马大权的最高行政长官，但从其品秩看，也不过是从五位上到正六位下的中下级官员；地头，是管理公私土地进行征税的官吏，并对其管理的土地拥有警察权，其职位更低，隶属于守。他们按其管理的土地面积大小，蓄养私兵。某一守率队出征，其一族的家人、族人即成为该守部队的骨干随同出阵，守所辖的地头，亦率其家人、郎党自成一队，归守指挥。这种主从关系构成的部队，组织巩固，不易溃散，散而可以重聚。家臣以死于君主马前为荣，因此战斗力颇强。但是，这种队伍又各自为战，指挥不统一，战斗时偏重于一骑对一骑的单打独斗方式，因此战斗几乎是混乱、无组织、无纪律的，不易于指挥，无战术可言，根本无法和元军相抗衡，整体战斗力其实相当弱（越南陈朝地方军也是类似的制度，战斗力也非常低下）。
至元十一年（公元1274年）征日元军在忻都、洪茶丘、刘复亨三将的指挥下，十月三日从高丽合埔出发，驶向对马。十月五**近对马岛。当地地头宗马允助国召集八十余骑弛向元军登陆据点，双方展开激战。由于众寡悬殊，宗马允助国及其嫡子养子共十二人战死，对马守护军全部被歼。六日元军占领对马岛。十四日傍晚，元军攻入壹岐岛。元军两船约400余人先行登陆，部队上陆列好队伍后即立赤旗为标记，与守护军左卫门尉平经高（平内左卫门景隆）所率领的百余骑激战。经高军战斗不利，退于城内防守。十五日陷城破，经高自杀殉城。十六日，元军逼近了肥前沿海岛屿及西北沿海一带。
日本大宰府西守护所少贰兼任“三前二岛”守护藤原经资得到元军进攻对马的战报后，一边上报幕府，一边部署防御。而战报在十月十七日方送到镰仓幕府，十八日至京都。到十月二十二日，方知对马岛为元军所占领。
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