同一时期，宇宙中另一智慧的有机生命——至尊太君，创造了宇宙大帝。这是一个不断吞吃星球的机械生命。它变形为一个巨大的星球，它同魔力神球一样只拥有改造的能力，没有创造能力。只能在原有机体上改造。
100万年前，赛博特恩上的机器人奴隶在a3（钛师傅）的率领下，军用和民用机器人联合起来赶走了五面怪，推翻了五面怪的统治赢得了自由。之前五面怪迫使他们带的奴隶符号，成为汽车人的标志。迎来了赛博特恩的第一个黄金时期。
1000万年前，赛博特恩上的军用机器人联合起来，为争夺赛博特恩的领导权而同民用机器人发生了冲突。赛博特恩内战开始。战争双方都付出了惨重的代价。新的变形能力开发出来，同其他先进技术一样，率先运用到战争中，汽车人的领袖连续阵亡了多名。霸天虎制造出了第一个有威力的战士--威震天。它摧毁了最后一个汽车人领袖，矩阵（能源宝）传到钛师傅手中，直到交给擎天柱时为止。威震天制造了改装机开始建立它的军队，并抢占赛博特恩上的能源。
400万年前，赛伯坦的能源枯竭了，汽车人打算到宇宙中寻找能量对付霸天虎。霸天虎追踪汽车人飞离赛伯坦。双方在一颗行星附近激战，霸天虎在威震天的率领下攻入汽车人的飞船--方舟。激战中双方飞船坠毁在地球上。
华夏发现了坠落在地球的方舟的计算机，并不小心触发了方舟计算机显像一号，触发激活后，方舟计算机根据地球上的车辆和武器为原型，修复了汽车人和霸天虎，同时出发了火源种的定位系统，宇宙中得到呼唤的流浪汽车人纷纷向地球而来，《变形金刚》新的战争又开始了。