在简单的葬礼之后李若雨的母亲王霏接过第七舰队的指挥权，踏上了征途，而接过就是在李若雨生日当天，噩耗传来，第七舰队全军覆没，魔道宇宙前线阵地失守，魔道宇宙直面混沌，整个魔道文明被迫转移。
在那种情况李若雨陷入了绝对的绝望之中。她心中所有的美好都已经破灭，哪怕是灵兔也无法将其拉回。在一次意外之中灵兔和李若雨从克隆人垃圾场带回了废弃的克隆人念可。
她们两个有着共同的特点，那就是绝望，无比深邃的绝望笼罩着她们。在那种情况之下，灵兔反向而为之，将她们陷入了更加的绝望之中，以绝望对抗绝望以产生希望。也是在那种情况之中，李若雨和念可被誉为魔道史上前所未有的天才，从绝望之中爬出来的怪物。
只可惜，李若雨和念可的出现太晚，千年之后宇宙被混沌吞噬，只剩下无限零之维度在那苦苦支撑，寻求最后一丝的希望。
到了最后，宇宙大意志重启了一开始就被他看成是一个废弃真理的魔之真理，并且以过去相逼，迫使科技主宰蒂娜帮助灵兔开启二周目世界，正式启动了其名为新秩序的计划。
新秩序计划即为毁灭当前宇宙的宇宙大意志，用科技主宰蒂娜手中掌握的擎天演算装置进行超未来化，以达到堪比宇宙大意志的演算程度。在这里情况下建立互敌共存的三圣审判中枢代替宇宙大意志掌管宇宙，让生命达到真正的自由和无限性发展。
当然，要实现这一步还要达成一个条件，那就是神魔被毁灭，终焉审判不允许再次出现。
回忆其实是李若雨从真理之门之中回来以后陷入的自我梦境，在梦境结束之时，李若雨也苏醒了过来，而时间点正好是一周目世界二维之上宇宙毁灭前夕。
念可在达到一定时间点以后释放了混沌，达成了这一时间关键点。并且在各大超级文明的配合之下达成了一个又一个的关键时间点，还成功遏制住了混沌的发展。
而在此之间，魔道文明也得到了再一次的发展，加上李若雨掠夺回来的科学家，在混沌入侵百年之后宇宙宇宙之中第一台超未来化仿生生命出现，也就是，念可设计的归来者战斗机器人。
它的武器只有一个，且是攻防一体的，也是世间最接近真理之眼的能力逻辑！
在归来者出现以后，宇宙大意志彻底感受到了危机。不惜冒着关键时间点未达成的可能，命令各大超科技文明进攻魔道文明。
在这种情况之下念可无可奈何，动用了萌璐给她留下的种种后手，其中就包括祭献珈百璃这个第三形态魔法少女形成超级结界等，终于撑到了李若雨从梦境之中苏醒。
李若雨成功从梦境之中苏醒，并且成功成为了不存在的魔法少女，第五形态的魔法少女永生梦魇，配合上归来者强大的战斗力，获得了抵抗其他超科技文明的强大战斗力，将时间点拖到了一周目宇宙毁灭之时。
一周目宇宙是在那个时候毁灭的，只不过那并不是关键时间点，只是个分离点，只要达到那个分离点，二周目宇宙就可以自主发展不用再管一周目宇宙的历史。
也是在那个分离点上，念可开启规则解码破解宇宙屏障，归来者自我祭献找到了被囚禁在大意志梦境之中的萌璐，最后由李若雨对萌璐进行引导成功的将萌璐的意识从大意志梦境之中拉出。在萌璐出现的同时李若雨选择毁灭现在与过去的自我，化身成为容器，避免了萌璐被大意志真理绞杀。
在萌璐归来之后，她自我粉碎魔之真理，得到一片真理碎片，在配合上无名从时间长河之中得到的那一片真理碎片，重新搭建真理之序，并且寄托其中成为了一个堪比宇宙大意志的存在。
只不过，堪比并不等于可以对抗。宇宙大意志想要的话，还是可以毁灭萌璐的。也在这一刻，一周目和二周目世界的分离点过去了。千万英灵突破失去宇宙屏障的二周目宇宙进入其中，三周目宇宙的无名联手一周目宇宙的无名和二周目宇宙的无名一同出现，对抗宇宙大意志。
在如此强大的战力之下，宇宙大意志节节败退，最后从大意志梦境之中释放出一周目和三周目的各个超级文明进行反击。
只不过，在这个时候，一周目宇宙，二周目宇宙还要三周目宇宙的三个蒂娜突然拿出强大的超未来武器赠与宇宙大意志一方，然后退出战争，消失在宇宙之外的无之中。
只是，战事紧急，萌璐无暇顾及蒂娜的离去继续对抗宇宙大意志一方。最后宇宙大意志还是败给了萌璐。而千万英灵在战胜之时也只剩下不到百万。
就在萌璐以外胜利之时，三个蒂娜再现，以超越萌璐真正数十个时代的超级科技横扫了宇宙，并且暴露出她真正的目的，那就是对宇宙进行物理性剖析，也就是对宇宙进行重启，演化无限多元宇宙。
并且，三个蒂娜打算化身为观察者，将无限多元宇宙变成一个囚牢或者说一个玩具。
在这种情况之下，念可自我泯灭，将规则解码过渡给萌璐，强化真理之序，将真理进行强行歪曲，诞生了第一条时间第一条歪理那就是一切存在之物的根本目的就是为了毁灭。
在这一条歪理诞生之后，所有真理因为无法承受巨大的无规则性而粉碎。那些粉碎的真理被真理之序吸收，加上宇宙大意志的残骸，真理之序进行了再一次的升华，成为了一种无论是