随着第五镇部队分遣广东要地，各地不断传来各种不利的消息。龙谦低估了广东对于第五镇这支客军的排外情绪了。当王明远开始整编广州府巡防营后，矛盾逐渐爆发。
其实，在各部开赴指定的驻地之前，龙谦以政治处的名义下发了一份内部文件，详细阐明了剿匪及清除会党的政策药店。总的来讲，就是先文后武，贴出安民告示，晓谕全体百姓，令土匪及会党成员限期投诚解散，凡是在期限未到之前主动出首者，不管之前犯有何种罪行，一律既往不咎。
这个办法，颇得周馥之赞赏，认为深谙孔圣人的忠恕之道。
公开的，以打劫为生的土匪一般啸聚山地密林，部队清剿土匪是天经地义之事，地方上不敢也不会说什么。但整顿巡防营就来问题了。
巡防营就是从前的绿营。据总督府的资料，全省绿营总计近三万人，全由地方养着，靡费银两的同时给不同的阶层带来了丰厚的利益。王明远根据龙谦的指示，将各府巡防营编组为保安团，立即受到了当地既得利益阶层的强烈抵制。
王明远整顿巡防营的做法就是登记、解散、重新录用三个程序。背后是对巡防营军饷的控制，这是致命的一招。杜绝空饷谁也不能说不对，但立即断绝了原巡防营官长们的财路。所以，首先被整顿的广州府巡防营在了解了新统领的政策后，断然策划了一次闹事，聚集了几十名坚信自己会由此丢掉饭碗的巡防营中下级官佐。围攻王明远司令部，被胡宗玉指挥编入巡防军的蒙山军部队强行包围缴械，期间发生了短暂的交火，死了四个人。伤者数倍之。王明远亲自审问，获悉是广州巡防营首脑莫新江指使，立即下令逮捕。得到讯息的莫新江抢先逃入了孚琦的将军府躲了起来。
虽然胡宗玉兵围将军府强行索要莫新江的命令被王明远取消，但此事激化了孚琦与龙谦的矛盾。孚琦立即派人召见龙谦，要求龙谦立即停止对巡防营的整顿，释放被捕官兵。厚抚死亡军官。
之前，孚琦和龙谦已经会面过了。那是俩人的第二次会面。第一次见面是第五镇入城式上，龙谦很给孚琦面子，孚琦也表示了应有了礼貌，称赞第五镇不愧是新军楷模，朝廷柱石。两人满共没有说了十句话。
第二次是龙谦上门拜会孚琦。根据周馥的指示，龙谦带了重礼登门拜会这位满洲将军。龙谦幻想着他遇到一位类似奕劻的家伙，在拿了自己的好处后对自己不闻不问。但孚琦拒绝了龙谦的礼金，指责龙谦在布置第五镇驻军时未得他的批准，属于严重的越权行事。孚琦警告龙谦。之前包围缴械广东新军的做法就是极端错误的，应立即交还枪支弹药。之后第五镇在广东的所有行动都必须有他的批准，不得擅自行事！
会面以不愉快的结果告终。龙谦甚至懒得与孚琦争辩了。反正这位自以为是的满洲将军手里没几个兵，别说广东省，便是广州市，让他的命令出不了将军府也很容易。你不要钱就是准备跟老子来硬的了。那好吧，我看你能拿我怎么办？
龙谦不理会孚琦的命令，立即组织审理广州巡防营被捕的军官，将其中七人以勾结会党、贪污军饷、欺凌乡里的罪名逮捕，移交总督府有司治罪。
此为广州巡防营事件。马上就被广州的民办报纸大肆宣传，除了一份《进步时报》客观公正地报道了广州事件外，其余的报纸均站在蒙山军的对立面大肆攻击，说龙谦自恃军权在手，大肆消除异己，居心叵测。
龙谦指示王明远。莫新江不要管他了，先把广州府的保安团建起来再说。就这样办下去，一个府一个府地搞过去。有蒙山军在，我看他们的脑袋有多硬。
“明远，要快！我们在和朝廷抢时间！”龙谦叮嘱爱将。
“明白。请司令放心。我这就去肇庆。”王明远信心满满。
龙谦知道，孚琦弹劾自己的电文早已发出了。来就来吧，等朝廷下决心与自己摊牌之前，一定要将广东真正控制在手中。
龙谦当然要做表面文章，由充任自己秘书的许思起草了给朝廷的报告，死死咬住广东巡防营贪腐无能、勾结不法之徒的事实，表明自己下大力气整顿巡防营是必要的，是为朝廷消除隐患。
这份报告，同时抄报了总督府和将军府。孚琦那里没有回音，但周馥是要说话的。
周馥惊恐不安地注视着飞速恶化的局势。他知道，龙谦已经等不及了。
10月21日，周馥召见龙谦，认真地谈了两个时辰。因为两人是闭门密谈，内容自然不为他人所知晓。但在四天后，周馥向朝廷发出了支持龙谦整顿巡防营的电报，算是公开表明了立场。
不知为什么，朝廷没有表态。而王明远的整顿步伐并未停止。自广州府之后，王明远对肇庆府的整顿还算平静，又成立了一个保安团。取名肇庆保安团，兵员大都来自原巡防营，但主要军官则由王明远派出。
但第三个被整顿的惠州府再次发生流血冲突。惠州府驻有蒙山军的一个标，不识时务起兵抗拒的巡防营被迅速打散，死了几十人。军官除了逃掉的，全部被抓。
广东再次轰动，连上海的报纸都报道了肇庆府的流血事件。
肇庆府士绅组织起来跑到广州，他们不敢去龙谦的提督府闹事，而是跑到总督府及将军府请愿，要求抓捕凶手，为死难的肇庆子弟报仇。
广州又是一轮新闻轰炸。