元惠宗这才高兴得笑起来了。于是，他下令蒙克代替父亲带领士兵前去平定阳翟王的叛乱。
蒙克出生在将门兵家，从小喜欢战斗打仗。他没有费很大的功夫就平定了阳翟王的叛乱，将阿鲁辉铁木尔擒拿到大都处死，受到了元惠宗的高度赞赏。
一波刚平，一波又起。
奇皇后与皇太子渐渐对元惠宗失去了信心，萌生了取而代之的异心。他们母子联手害死了反对他们主张的官员，又依靠宦官朴不花和丞相搠思监，赶走了直言进谏的陈祖仁和李国凤等大臣，逐渐控制了朝廷。
与此同时，镇压红巾军的察罕铁木尔与孛罗铁木尔两支军阀为了争抢地盘自己打了起来，闹得中原大地民不聊生。
1363年，元惠宗的母舅老的沙不堪忍受皇太子一党的陷害，逃到大同投奔了孛罗铁木尔。
皇太子一党追索不成，要求元惠宗派蒙克前去讨伐孛罗铁木尔。
蒙克向元惠宗讲明同室操戈的利弊，恳请皇上三思。
元惠宗认为蒙克说的有道理，于是决定按兵不动。
孛罗铁木尔借口主持公道，两度发兵进攻大都，先是逼迫元惠宗交出了朴不花与搠思监，将他们全部杀死，又迫使元惠宗拜他为右丞相，赶走了皇太子。
义愤填膺的皇太子逃到了太原阔阔铁木尔的大营中。在阔阔铁木尔的鼓动下自立为大元的皇帝。
大元一时呈现出两个朝廷分立的分裂局面。
孛罗铁木尔当政以后杀掉了教唆元惠宗淫乐的奸臣，赶走了宫中的西番僧侣，裁减淘汰宦官，节省钱粮，一时颇有些作为。不久，他也开始玩物丧志，自甘堕落，秽乱后宫，酗酒杀人，而且在皇太子一方来攻打大都的时候连吃了几个败仗。
元惠宗发现孛罗铁木尔是个绣花枕头，对他产生了不满。
蒙克等人向元惠宗建议暗杀孛罗铁木尔。
1365年8月的一天，元惠宗让人去请孛罗铁木尔入宫讨论国家大事，自己则躲在密室内等待蒙克动手。他们约定事成以后用鸽子的铃声作为暗号。
不明就里的孛罗铁木尔兴冲冲地入宫，刚走到延春阁前的李树下，被蒙克带领的杀手刺死了。
听到响亮的鸽子铃声，元惠宗踌躇满志地走出了密室。他端坐在龙椅上，威风凛凛地下令立即剿杀孛罗铁木尔的部下，同时让蒙克将孛罗铁木尔的脑袋装进木匣子里，送到太原的皇太子处以示警戒。
不久，心灵受到极大震撼的皇太子在阔阔铁木尔的护送下回到了大都，诚恳地向父皇请罪。
毕竟是血浓于水、父子一家亲。元惠宗原谅了犯错的太子，任命劝和有功的阔阔铁木尔为左丞相，老臣伯撒里为右丞相。
至此，宫廷的争斗才告一段落。
时间不长，元惠宗又封阔阔铁木尔为河南王，派他南下肃清江淮之乱。不料，阔阔铁木尔在河南、山西、陕西等地与李思齐、张良弼等诸多军阀发生了混战。
元惠宗怀疑阔阔铁木尔造反谋逆之心，命令皇太子总领天下的兵马，蒙克作为副将，前去讨伐阔阔铁木尔。
军阀混战一直持续到大都失守的前夕，极大地损耗了大元王朝的有生力量。
元惠宗虽然昏庸，却也非常明白国难当头。1367年，他派蒙克前往高丽的济州岛，命令秘密地建造了宫殿，以备将来逃难之用。
在大元内乱不断的期间，朱元璋在南方一家坐大，先后将陈友谅、张士诚和方国珍等群雄逐一削平，最后发动了“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。
1368年8月，大都四面楚歌，即将沦陷。元惠宗这才与阔阔铁木尔实现了和解。但是，一切都为时太晚了。
元惠宗在清宁殿召见大臣和三宫后妃与皇太子，正式宣布放弃大都、迁往上都。
脱脱的儿子、知枢密院事哈剌章力谏皇上不可迁移，以免动摇军心。
元惠宗说道：“也速已经大败了。阔阔铁木尔又远在太原。哪里还有援兵来救助我们呢？”
道尔吉跪在地上痛哭流涕地进谏道：“天下是世祖（忽必烈）打下来的。陛下您应当以死守卫哇，怎么能够轻易放弃呢！我们愿意率领大都的军民出城战斗。希望陛下固守京城啊！”
元惠宗叹息道：“今日绝不可以重蹈大宋徽宗和钦宗被异族俘虏的旧辙！”
道尔吉悲痛万分，回到家中便去世了。
元惠宗在北逃的途中看到了国内的真实情况，无限感慨地对蒙克说道：“朕整天不出京师，怎么知道外边的局势已经到了如此的地步啊！”
蒙克护送元惠宗到达上都以后，不分昼夜地邀请群臣来到皇上的住处，共同商议恢复大业的良计，希望重新振兴大元王朝。
一天，几位大明的使者奉朱元璋的指示来到上都，游说元惠宗弃暗投明，归顺大明王朝。
元惠宗提笔写了一首名为《答明主》的诗，作为对朱元璋的回答：
金陵使者渡江来，
万里风烟一道开。
王气有时还自息，
圣恩无处不昭回。
信知海内归明主，
亦喜江南有俊才。
归去诚心烦为说，
春风先到凤凰台。
1368年11月，阔阔铁木尔和蒙克不负元惠宗的厚望，在韩店（位于今天山西省长治）与大明军队打了