元惠宗又被这场回光返照式的胜利冲昏了头脑，下令封阔阔铁木尔为齐王，授权由他和蒙克指挥军队准备收复大都。
阔阔铁木尔和蒙克随后被大明的军队打了个落花流水，仅带着16个人逃了回来。
元惠宗受到如此重挫，脆弱的意志又一度消沉，身体健康也每况愈下。
1369年的元旦，大臣们按照惯例来到皇宫向皇帝朝贺。
元惠宗却托病不肯出来接见大臣，引起了很多的传言。此后，他经常称病不参加朝议，使朝廷处于只议不决的局面。
7月，元惠宗又决定放弃上都，迁往位置更北、更安全的应昌城（又名鲁王城，位于今天内蒙古克什克腾旗）。
蒙克向他进谏应当回到蒙古的龙兴之地哈拉和林。
元惠宗因为阳翟王阿鲁辉铁木尔当年在那里叛乱事件的阴影而没有采纳。
迁居应昌以后，元惠宗身体状况日渐衰弱，便指派阔阔铁木尔和蒙克协助皇太子管理国家的大事，自己则半隐半退地一心养病。
1370年5月23日的早晨，元惠宗不忍心丢弃前一天晚上宴会上剩下的羊肉，固执地不听蒙克的劝阻，就着热茶当做早餐吃了下去。
不到中午，元惠宗腹痛难忍，解下来带血的痢疾。
太医们用了各种药物都不见效果。
傍晚时分，元惠宗在应昌城内驾崩，享年51岁。
两天以后，元惠宗的儿子爱猷识理达腊在阔阔铁木尔和蒙克等人的拥戴下登基为元昭宗。他下令父亲的蒙古汗号为乌哈噶图汗（蒙古语意为明智的）。
元惠宗生前多才多艺。他在建筑工艺、机械工程、诗词等方面是一个天才。建造宫殿的时候，他自己画屋样，又亲自削木构宫，让工匠按他的图纸来搭建。建造龙船的时候，他也是亲自出马，绘制样本。他自制的五云车也是精巧绝伦。因此，大都人都管元惠宗叫作“鲁班天子”。
大明军队攻入大都的时候，缴获了元惠宗自制的宫漏，作为战利品献给了明太祖朱元璋。
朱元璋端详了一会，轻蔑地说道：“整天不理国家大事，尽干些无用的事情。如果他把心思放在国家大业上，国家怎么会灭亡呢？”
朱元璋下命将元惠宗制做的宫漏全部捣毁。
不过，朱元璋因为元惠宗妥欢帖木儿“知顺天命，退避而去”，还是很客气地送给他顺帝的号，但是，遭到了元昭宗的严词拒绝。。
每天的傍晚时分，在茫茫的蒙古大草原上，蒙克经常一个人孤独地徘徊。他流着泪水朗诵着元惠宗怀念故都大都的诗篇，祈望能够回到自己的出生地大都：
诸色珍宝修成的我那宝贵宏伟的大都城哟，
惬意消夏而居的我那上都开平库儿都城哟，
古时诸圣的夏营地我那上都的失喇塔喇（金莲川）哟，
在那万物枯黄的戊申年，我误失了大国哟！
九色珍宝装修成的我那宏伟的大都哟，
可执缚九十九匹白马的我那上都开平哟，
广受众惠的我那政教二道的福乐哟，
称为天下之主我那可惜的美名哟，
起早登高举目远望，烟霞缭绕，
前后眺望观赏，景色悦目，
不分冬夏，居住无忧快活，
是我自在薛禅（忽必烈）皇帝建立的宝城大都！
先祖享乐的我那宽广宏伟的大都哟，
有缘相聚的我那众王侯、宰相和属民万众哟，
不听亦剌忽丞相明谏之言是我的遗恨，
听信反叛而去的朱哥官人是我的昏昧！
误杀具足智慧的脱脱太师，
逐回大德上师是我的罪过。
可惜我万众之主的皇帝的名声！
可惜我那尽情享受的快乐！
具有神力的薛禅皇帝多方营建的，
福禄汇集的我那大都城哟！
被汉人朱哥官人收占去了！