顺治十八年初，南京被南明夺回，闽浙总督李率泰、靖南王世子耿精忠、浙江总督赵国祚、巡抚史纪功等人率领的六万大军气势汹汹地打算回夺南京，没想到南京城下一战，仅仅六个小时，清军就被打败。六万大军折损五万多人，损兵折将的李率泰引着败兵仓皇败退湖州。
北京，三月，天气仍然很冷。早朝过了，顺治叫几位重臣议事。
最先坐不住的是鳌拜，他几次要求立刻发兵南京，全都被顺治和太后驳回。这一次他抢在所有人面前第一个开口说话。
鳌拜说道：“皇上，去年李存真大闹江南，如今又占了南京。整个东南已经震动，奴才以为应当立刻派出大军进剿，否则后患无穷。不剿灭李存真天下定然认为朝廷懦弱，如此天下盗寇必然群起效仿。如此一来，天下大事就危险了。”
苏克萨哈说道：“李存真之所以能占有江宁完全是因为达素厦门兵败造成的。厦门一战，八旗精锐损失殆尽。这才给了李存真胆子，郑成功都干不成的事，他一个海盗却干成了，为什么？奴才以为，鳌大人所言甚是，就应该出大军进剿才是。如果不出兵剿灭李存真，南明余孽定然再次复起。江宁曾经是伪明的南京，如果让他们在江宁站稳了脚跟，日后怕是就不好办了。”
顺治听着鳌拜和苏克萨哈说话，自己并没有言语，反而陷入沉思。
南京被夺伊始，鳌拜便力主清军立刻南下，可是厦门惨败，满洲八旗成建制地被歼灭，不论是护军旗还是前锋营几乎都被一扫而空。正白旗、镶白旗、正蓝旗、镶蓝旗几乎覆灭，留下的两黄旗的人马也在洛托第二次征讨厦门的滩头大战中被打得支离破碎。
本来在安南将军章佳·达素出征厦门的时候，皇帝和太后的安全都依靠蒙古八旗来保护，现在可好，如果强行出兵，攻打李存真，怕是连蒙八旗和福建的汉八旗都得压上才行。
此时的满清朝廷不免犹豫起来，如果再有一次厦门惨败，满清怕是就要彻底败落了。而此时的顺治由于失去了董鄂妃显得显得魂不守舍，根本无心政务，对南征的事情显得很不积极。其实，主要原因并不是顺治无能，反而是多方面权衡利弊，始终下不了发兵的决心，故而希望能够以“招安”和“换地”的方式解决李贼问题。李存真夺取南京，不仅消灭了江宁驻防八旗，连带着从贵州返回后来折返荆州支援江宁对付郑成功的正白旗副都统噶褚哈与正红旗副都统玛尔塞率领的几千满兵也几乎全军覆没。这些损失都让满清朝廷痛心疾首。云南的战事久拖不决，北方察哈尔和喀尔喀有蠢蠢欲动，这都让满清分身乏术，太后布木布泰也因此而犹豫不决，因此脱了两个月大军也没有南下。
本来在原本的历史上，顺治十八年正月，顺治就应该染上天花而死，可是由于他没有出宫去悯忠寺观看自己的大太监吴良辅的出家仪式，因此也就没有染上天花，故而没死。
满清的顺治皇帝，如果按照一个皇帝的标准来要求他的话，还算是合格的。但是，他的为人怕是难称健全。
顺治为皇帝胸怀大志，富于进取的气质，这毋容置疑，一个异族少年力图征服中国虽然痴心妄想却仍然努力推进，比之于明思宗崇祯不论是在手段还是在成绩上确实都要胜上一筹。
但同时他又存在着浮躁易怒、任性放纵的顽症。而且为人刚愎自用，任性妄为，喜怒无常。甚至患有狂躁症，否则也不会当着太后和汤若望的面一边呼喊一边用宝剑劈碎自己的御座。
早在顺治八年二月皇太后告诫皇帝的谕中就有“惩忿戒嬉”的内容，这是母知其子，可谓说到了病根。后来和尚木陈忞说他“龙性难撄”，茚溪森说他“生平性躁”，看法都是一致的。
顺治宠幸宦官。顺治十二年他已严令不许太监干政，并立十三衙门铁牌，禁令昭昭，但十五年二月就暴露了“内监吴良辅等交通内外官员人等”，“作弊纳贿，罪状显着”之事。如按十三衙门铁牌敕谕应“即行凌迟处死”。福临却另有一番言辞：“若俱按迹穷究，犯罪株连者甚多。姑从宽一概免究。”“自今以后，务须痛改前非，各供厥职。”其实这话仅用之于太监，而与太监交通勾结突出者，如大学士陈之遴以及陈维新、吴维华等人，却遭到了流放盛京或宁古塔的惩处，太监，尤其是吴良辅却仍然安然无恙。这种福临自己也无法解释的自坏章法的原因，是他偏爱太监之故。
同时，顺治为人好色而且苛刻。特别是坚持满洲特权，严厉地惩罚汉臣。别的不说，只是观音山之战后，梁化凤、玛尔塞和噶褚哈在镇江胡作非为，甚至抢女拆屋。接着清廷又要调派明安达理部的满兵长驻镇江，江南苏松巡按马腾升坐不住了，“为万民请命”，苦苦哀求满洲主子“镇江之民疮痍未复”，而“满兵骄悍成习”，“若果兵临，势必侵扰，民何能安处？”而平日满嘴仁政爱民，曾下旨“今后有抢汉人一物者即行处斩”的顺治完全暴露了豺狼面目，恼羞成怒道：“镇江阖城从贼，理应诛戮；免行追究，已属法外之仁！”且避重就轻的狡辩：“征剿寇盗、平定地方，皆满兵之力；何云满兵骄悍成习？”，又责骂“且马腾升系何国之人？乃称满兵骄悍成习，是何意见？”话说到这份上，马腾升革职丢命的下场跑不掉了。
历史上的顺治之死，死于天花不假