这是明史上的记载，至于李自成为何没有出现在这三大起义军之中，却是因为李自成自从陕甘失利之后，一直呆在河南的大山里游荡，这里人烟稀少，因而明政府将眼光主要放在了张献忠这些人身上，而当时在某些明政府官吏严重甚至以为李自成已经死在了那个疙瘩里面了。李自成的事在那时不提及，再说杨嗣昌关于对张献忠部的打击策略布置，在正月，左良玉就任大将军不久，便率军拜起义军于枸坪关，张献忠败走，而左良玉也一雪当日兵败簸箕寨之耻，之后杨嗣昌认为张献忠必定折回陕西，便命令左良玉以主力屯兵兴安、平利，另外派遣一支偏师追赶张献忠就可以了，可是左良玉不同意，他认为以偏师追剿未必能够成功，更何况他也不认为张献忠会再回陕西去，若是一旦去了四川平原，那么形式是相当不利的。
二人的争论点出现了，那是谁也不服谁，这个时候的杨嗣昌或许有些后悔了，他觉得自己不该找左良玉出来，这个人实在是太难安排了，只不过木已沉舟，那是没有办法的事。而就在两人谁也说服不了谁的情况下，左良玉竟是独自一人带兵从渔溪进四川去追张献忠了，对于左良玉这个行径杨嗣昌自然是相当恼怒，不过此时的左良玉已是今非昔比，那是兵强马壮，他杨嗣昌虽是督师那也拿他没办法，没辙。杨嗣昌只得一纸奏折递了上去，一切还是交给崇祯评断。其实杨嗣昌这般做法意思也很明了，他杨嗣昌字据都立好了，照此存照，他左良玉打了败仗与我无关。
杨嗣昌的办法很精明，这一不哭二不闹，事情就与自己这么撇开了关系，不过让杨嗣昌没有想到的是，左良玉的判断是对的，而且在四川玛瑙山一战之中，左良玉大败张献忠，连同张献忠妻妾七口，外加军师潘独鳌都让左良玉一锅给端了。
这一战，左良玉自然功劳最高，当然也和杨嗣昌没关系，谁叫他老早就和左良玉出兵撇清了关系，北京城里的崇祯得到左良玉大败张献忠义军的捷报自然是欣喜万分，立马给左良玉加了官，而这一加还是太子少保，虽是虚衔，那也是堂堂正二品大员，比起杨嗣昌也不遑多让。然而此处有一个疑虑，当年崇祯亡国之日，曾说‘君非亡国之君，臣皆亡国之臣’，李自成《登极诏》也说“君非甚暗（崇祯皇帝不算太糟），孤立而炀灶恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少。”因而引来后世许多人皆是同情崇祯说他并非什么亡国之君，皆是因为臣下无能。不过从此处看来崇祯明知督、将二人不和（之前杨嗣昌上书为证），却又在获知捷报之后重重赏赐左良玉一人，并不追究什么抗命一说，这又无疑是加剧督、将二人之间的矛盾更深，也同时助长其他武将的独断专行，势必会对督师杨嗣昌造成很多方面的不利，因而可以说崇祯此人对于用人、御人方面是相当差劲的，可以说明朝亡国，在很大程度上他的因素是要多于自己臣下的。而在玛瑙山大捷之后，左良玉果然是更加跋扈，根本也不再将杨嗣昌放在眼里，而此时此刻二人之间的矛盾那也是越来越深，然而这个时候，一个人的告密无疑使得这督、将二人之间的关系那是形同水火，而这个人便是总兵贺人龙，时人称之为‘贺疯子’。
事情的经过是这样的，当初刚刚接任‘平贼将军’不久的左良玉很快便被杨嗣昌看出端倪，杨嗣昌当即认为左良玉这人实在是桀骜不驯，以后势必难以控制，不过这个时候诏命已下，而且当初强烈推荐左良玉的也正是他杨嗣昌，杨嗣昌心里明白自己如果这个时候提出换人那无疑是自己扇自己的脸皮，这种丢脸面的事杨嗣昌不会去做，何况当时明政府内部党患严重，杨嗣昌心中明白自己这个位置那是时刻有人惦记着。当然杨嗣昌不换将不意味着他不想换将，而当时总兵贺人龙同样是战功赫赫，于是杨嗣昌就私底下跟贺人龙说，只要他好好表现这左良玉的位置迟早是他的，不过随着左良玉玛瑙山大捷，杨嗣昌一时也就拿捏不好主意了，对于贺人龙却是一推再推，而本来以为杨嗣昌会任命自己做大将的贺人龙自然就不满了，想必此人也是在这之前在自己军中多散布自己要被任命为大将军的小道消息，现如今眼见希望破灭，做不成大将了，自然是在军中丢了脸皮，这极度的不满那也是正常的。不过这贺人龙做的也绝，立马就将杨嗣昌准备换将的消息给告诉了左良玉，左良玉听闻这个消息那自然是火冒三丈，就差举兵前去灭了杨嗣昌，而当时这督、将二人关系到了什么地步，明史上有这么一段记载，当献忠之败走也，追且及，遣其党马元利操重宝啖良玉曰：“献忠在，故公见重。公所部多杀掠，而阁部猜且专。无献忠，即公灭不久矣。”良玉心动，纵之去。这是一段明史原文，明史虽是清朝人编撰的，其可信性多少暂不提，但是就这一段描写却是可信的。
总之，杨嗣昌想要换将的心思不仅使得左良玉与他更加的水火不容，而且使得总兵贺人龙对他同样是深怀不满，之后也走上了左良玉的老套路，属管不属调，拥兵自重，避免与义军作战，自保实力，后来结果被孙传庭处死。就这样，因为换将，弄得两面都不讨好的杨嗣昌在当时自己督师的湖广众将中声望自然是一日不如一日，而乘这个机会张献忠部才得以脱离包围圈，返回兴山、房县。而就在同年秋，张献忠、罗汝才