而那些未随大部迁徙的“三居”者，则与当地羌人融合，演化成了中国古代的“羌”。古史称“西羌之本，出自三苗”。
《帝王世纪》：“有苗氏负固不服，舜乃修文教三年，执干戚而舞之，有苗请服。”
《韩非子·五蠹》：“当舜之时，有苗不服，禹将伐之，舜曰不可，上德不厚而行武，非道也。乃修教三年，执干戚舞，有苗乃服。”其实，“执干戚而舞之”，是以强大的武力作后盾，“三苗乃服”。
《吕氏春秋·上德》：“三苗不服，禹请攻之，舜曰以德可也。行德三年而三苗服。”
《苟子·赋篇》：“干戈不用三苗服。”
《说宛·君道》：“当舜之时，有苗氏不服。……禹欲伐之，舜不许日：谕教犹未竭也。乃谕教焉，而有苗氏请服。天下闻之，皆非禹之义而归舜之德。”（参见侯哲安：《三苗考》，载《贵州民族研究》1979年第1期）
《左传·昭公元年》：“虞有三苗……诸侯遂进，狎主齐盟。”
可见，在虞舜时代，舜采取感化和分化两手，分北三苗，这一阶段三苗与华夏联盟虽曾一度妥协，但三苗仍较强大，始终是华夏集团强有力的竞争者。
第三阶段：禹伐三苗，给三苗以摧毁性打击。
两大集团决定性的一仗是禹伐三苗，禹与三苗进行了一场历时七十天的大战。
禹继位后，三苗仍为心腹之患，禹对三苗又进行了大规模的征讨，这是双方战争的第三阶段。禹征讨的主要理由是：
《竹书纪年》：“有苗负固不服。”《尚书·益稷》：“苗顽弗即工。”按：工与贡古通，即三苗之民反抗剥削，不给舜禹进贡。
禹在誓师动员时说：“三苗不敬鬼神，滥用刑罚，违背天意作乱，上天现在号令我们要对它进行讨伐。"《墨子·兼爱篇》载有禹出师伐三苗的誓言，其词曰：“济济有众，咸听朕命，蠢兹有苗，昏迷不恭，侮慢自贡，反道败德，君子在野，小人在位，民弃不保，天降之咎。”这里列举了三苗的“罪状”，作为对其征伐的理由。这些罪状内容空洞，不过是借口而已。
概括起来大约是不恭（不尊王），不贡（不进贡），败德（不用君子用小人）。
禹同三苗的战争进行得相当激烈残酷，是消灭种族的战争，其结果是三苗国被灭，社会生产力遭到重大摧残。
当时，三苗地区发生大地震，禹乘机发动大规模进攻。交战开始，战斗十分激烈，互有胜负。突然，战场雷电交加，三苗领袖不幸被箭射中，苗师大乱，溃不成军。《墨子·非攻下》云：“昔者三苗大乱，天命殛之，日妖宵出，雨血三朝．龙生于庙，犬哭于市，夏有冰，地圻及泉，五谷变化，民乃大振，高阳乃命玄宫，禹亲把天之瑞令以征有苗，四电诱祗。有神人面鸟身，若瑾以待，镱矢有苗之祥，苗师大乱，后乃遂几。”这段话前面说的是天变（天崩地坼的大地震），后面是说射中了苗师首领，苗师大败，从此三苗一蹶不振。
《古本竹书纪年》云：“三苗将亡，天雨血，夏有冰，地圻及泉，青龙生于庙，日夜出，昼日不出。”《随巢子》云：“昔三苗之乱，龙生于庙，犬哭于市。”《论衡》云：“三苗之亡，五谷变种，鬼哭于郊。”西汉竹简>:"有苗日蚀月断,三日不解","有苗三日不见日".三苗大乱,天灾降临.战前已充满了可怖的气氛，自然怪异，灾变频繁，百姓惊恐。这种灾害很可能是真的发生了.夜里出太阳,当然不会是太阳,而是发生了外来天体撞击地球的大爆炸.爆炸之时,亮光照如白昼.而后灰尘遮天蔽日,三天不见日是可能发生的.
以上都是形容三苗地区的天灾人祸以及战事的残酷，杀戮惨极，血流满地，几无人烟，故龙(蛇)出于旷野，犬哭于市郊。（参见侯哲安：《三苗考》，载《贵州民族研究》1979年第1期。）
巴基斯坦的摩亨佐达罗遗址,5000年前有过辉煌的印度河文明，那种高度的文明程度足使今人大吃一惊.后来.这个文明毁灭了.考古发掘证实,当地曾发生过多次猛烈爆炸.时间正与三苗大乱同时。看来天灾的中心在印度，三苗地区受到严重影响，天灾很不利于三苗对禹的战争，因此三苗以惨败告终。
战争结束以后，三苗作为国家的刍型已不复存在了，但作为民族的刍型则发生了急剧的变化。《今本竹书纪年》云：“三十五年，帝命夏后征有苗，有苗氏来朝。”《墨子·非攻下》云：“后乃遂几。”几是衰亡的意思。由此可见江汉地区的三苗被禹打败以后，只有一部分留在江汉地区，逐渐融化在后来的蛮人之内。而大部分向西南逃避的，仍保持“三苗”作为民族刍型的一些特征，发展成为后来的苗、瑶、畲等民族。还有一部分变为奴隶，这部分后来则发生异化，逐渐融合于华夏族，成为汉